とある魔術の禁書目録

　主人公・上条当麻も視聴者も忘れていたのだが、ついに色々ありにあった夏休みが終わってしまう。始業式に登校した上条だが、彼はおかしな転入生に遭遇する。
　昼食を食いはぐれる事を心配したインデックス（禁書目録）は、上条の学校に潜り込むが、そこで転入生と名乗る風斬氷華と出逢う。妙に恥ずかしがり屋の彼女と、インデックス通して知り合った上条だが、風斬には注意した方がいい、と姫神秋沙に忠告を受ける。姫神が言うには、以前姫神の通っていた高校にも、風斬はいたのだそうだが、存在は成績上位者として認識はされていたものの、実際にはその人を見た事はないという事だった。しかも、転入生である筈の風斬は、学校内に籍はないのである。今インデックスと共にいる少女が本当に風斬氷華という人間なのかを含めて、至極怪しいものらしいのだ。
　もう一方では、魔術サイドの人間が学園都市内に侵入した事も騒ぎになっている。風紀委員（ジャッジメント）の仕事として、白井黒子と御坂美琴がその魔術師と対峙するものの、逃げられてしまう。彼女達が魔術というものの存在を知らず、能力者だと想っている点も、今後に於いての布石のように感じる。
　白井と御坂から逃れた魔術師は、何やら術式を発動させ、町中を探っている。彼女の名前はシェリル＝クロムウェルといい、イギリス清教所属の魔術師・土御門元春（上条の友人である）も、彼女を追っている。
　そんな状況の中、風斬氷華と名乗る少女とインデックスを連れて、呑気に地下街に食事に行く上条に、何事も起こらぬ訳がない。またもや嵐の予感の二十一話である。